Կրթահամալիրի միջին դպրոցում՝ 5-ից 9-րդ դասարաններում իրականացվում է շերտավորված, տարբերակված ուսուցում, որը հիմնվում է երեխայի ընկալունակության արդյունավետության վրա:
5-րդ դասարանից սկսած կրթահամալիրը ձևավորում է ֆիզմաթ ուղղվածության հոսքեր, իսկ այնուհետև 7-րդ դասարանից նաև բնագիտական ուղղվածությամբ հոսքեր, որոնց նպատակն է տարբերակված ձևով՝ ծրագրային տարբեր խորությամբ կազմակերպել մաթեմատիկա և բնագիտական առարկաների ուսուցումը՝ ելնելով յուրաքանչյուր աշակերտի ընդունակություններից և կարիքներից։
Առարկայական խորացված և բազմակողմանի ուսուցման ընթացքում ուղղորդվում են աշակերտների հակումները, ընդունակություններն ու նախասիրությունները, դրվում հետագա ուսումնառության ամուր հիմքերը: Դրան զուգընթաց` մեծ ուշադրություն է դարձվում կրթամշակութային ոլորտին, կյանքի հմտություններին, աշակերտի` որպես ակտիվ քաղաքացու ձևավորման նախապայմաններին, որոնք երեխայի արդյունավետ գործելակերպի հիմքն են դառնում, խթանում նրանց բազմակողմանի զարգացումը: Հանրակրթական ծրագրերին կից առաջարկվում է նաև լրացուցիչ առարկաների ցանկ, որոնցից աշակերտը կատարում է ընտրություն՝ ըստ իր նախասիրությունների:
